La Guerra de Ōnin (1467-77)
La aparición de nuevas fuerzas.
Después de la Guerra de Ōnin, el poder de los líderes locales independientes aumentó notablemente y, en muchos casos, los diputados de las grandes casas de shugo usurparon los dominios de sus superiores, los retenedores derrocaron a sus señores y las familias filiales tomaron el poder de las familias principales. Debido a esta tendencia a que los «inferiores superen a los superiores» (gekokujō), los anteriores shugo desaparecieron casi por completo de Kyōto y las provincias circundantes; un nuevo tipo de señor de dominio, el daimyo, ocupó su lugar. Dado que esta época estuvo marcada por las constantes guerras entre muchos de estos señores, se denomina periodo Sengoku («Estados en Guerra»), llamado así por un periodo algo similar de la antigua historia china.
Hasta la primera mitad del siglo XVI, los daimyo de las distintas localidades fueron construyendo así fuertes bases militares. Durante este periodo, las provincias en manos de los daimyo estaban casi completamente libres del control del bakufu. Los daimyo convirtieron a los líderes locales en sus sirvientes, quitándoles su independencia al imponer las encuestas sobre la tierra y controlar directamente las aldeas agrícolas. Daimyo como los Imagawa, Date y Ōuchi promulgaron sus propias leyes, llamadas bunkoku-hō, para administrar sus propios territorios. Estas leyes provinciales, aunque se inspiraban en el precedente de los códigos guerreros del Formulario Jōei, también incluían regulaciones para los agricultores y aplicaban estrictos controles sobre los criados. En principio, por ejemplo, la herencia por parte de los criados estaba restringida únicamente al heredero principal, y era necesario el permiso del señor para que sus vasallos pudieran heredar propiedades o casarse. En las aldeas agrícolas, los daimyo, además de realizar estudios detallados de las tierras, también construían diques de riego y abrían nuevos campos de arroz para estimular la producción. Para concentrar su poder también reajustaron la disposición de las fortalezas locales fortificadas, reunieron a sus criados en castillos y reorganizaron las carreteras y las estaciones de correos para centrarlas en sus ciudades castillo (jōkamachi).
El comercio y las ciudades experimentaron un marcado desarrollo en esta época de la historia de Japón. También surgieron mercados periódicos por todo el país. A pesar de las obstrucciones de las barreras aduaneras (erigidas tanto por el bakufu como por intereses privados), en estos mercados se podían adquirir productos de todas las partes del país. En las grandes ciudades, como Kyōto, se crearon mercados de intercambio de productos básicos para manejar enormes cantidades de arroz, sal, pescado y otras mercancías; los mayoristas, o toiya, se especializaron en el trato con zonas lejanas. La circulación de moneda acuñada también se hizo vigorosa, pero además de los diversos tipos de monedas de cobre importadas de China de las dinastías Sung, Yüan y Ming, también circulaban por el país monedas acuñadas de forma privada, lo que daba lugar a la confusión de los tipos de cambio. El bakufu y el daimyo promulgaron leyes para prohibir el acaparamiento de monedas buenas, pero con poco éxito. Los gremios Muromachi mostraron una fuerte tendencia monopolista al tratar de protegerse contra los comerciantes de nuevo cuño que surgieron, mientras que en las ciudades castillo se crearon nuevos gremios bajo el control directo del daimyo.
Entre las ciudades de la época, junto a Kyōto y Nara, surgieron Uji-Yamada, Sakamoto y otros pueblos a las puertas de los principales templos y santuarios. Además de estas, las ciudades crecieron naturalmente alrededor de los castillos de los daimyo, como Naoetsu de la familia Uesugi, Yamaguchi de la familia Ōuchi, Ichijōdani de la familia Asakura y Odawara de los últimos Hōjō. A medida que los castillos pasaron de servir como fortalezas defensivas en las montañas a ser fortalezas administrativas en las llanuras, se abrieron mercados fuera de los muros de los castillos, y comerciantes y artesanos se reunieron allí para vivir. Ciudades portuarias (minato machi) como Sakai, Hyōgo y Onomichi en el Mar Interior, Suruga y Obama en el Mar de Japón, y Kuwana y Ōminato en la Bahía de Ise también florecieron como centros de intercambio. Los cerveceros de sake, los corredores y los comerciantes al por mayor eran los líderes de la ciudad (machishu), y los ancianos de la ciudad (otona) eran elegidos para llevar a cabo el gobierno local a través de asambleas. En el puerto comercial de Sakai, por ejemplo, una asamblea de 36 hombres procedentes de los gremios mayoristas administraba la ciudad. Mantenían a los soldados y construían fosos y otras defensas, y aunque se beneficiaban del enfrentamiento entre los daimyo, se resistían a su dominación. Los misioneros jesuitas (véase más adelante) compararon Sakai con las ciudades libres de Europa en la Edad Media y describieron su floreciente estado en sus informes.