De Ōnin-oorlog (1467-77)
De opkomst van nieuwe krachten.
Na de Ōnin-oorlog nam de macht van onafhankelijke lokale leiders aanzienlijk toe, en in veel gevallen eigende afgevaardigden van grote shugo-huizen zich de domeinen van hun superieuren toe, zetten dienaren hun opperheren omver, en grepen takkenfamilies de macht van hoofdfamilies. Door deze tendens van “inferieuren om superieuren te overwinnen” (gekokujō), verdwenen de vroegere shugo bijna volledig uit Kyōto en de omliggende provincies; een nieuw type domeinheer, de daimyo, nam hun plaats in. Omdat deze tijd werd gekenmerkt door voortdurende oorlog tussen veel van dergelijke heren, wordt het de Sengoku (“Warring States”) periode genoemd, genoemd naar een enigszins vergelijkbare periode in de oude Chinese geschiedenis.
Tot in de eerste helft van de 16e eeuw bouwden daimyo in de verschillende plaatsen dus sterke militaire bases op. In deze periode waren de provincies die in handen waren van de daimyo bijna geheel vrij van controle door de bakufu. De daimyo maakten van de plaatselijke leiders hun ondergeschikten en ontnamen hen hun onafhankelijkheid door landmetingen af te dwingen en de boerendorpen rechtstreeks te controleren. Daimyo zoals de Imagawa, Date en Ōuchi vaardigden hun eigen wetten uit, bunkoku-hō genaamd, om hun eigen gebieden te besturen. Deze provinciale wetten waren gebaseerd op het precedent van de krijgsverordeningen van het Jōei Formularium, maar bevatten ook voorschriften voor boeren en pasten strikte controles toe op de achterblijvers. Zo was het erfrecht van de achterblijvers in principe beperkt tot de hoofderfgenaam en had de heer toestemming nodig om zijn vazallen goederen te laten erven of te laten trouwen. In de boerendorpen legden de daimyo niet alleen gedetailleerde landmetingen af, maar legden zij ook irrigatiedijken aan en openden nieuwe rijstvelden om de productie te stimuleren. Om hun macht te concentreren pasten zij ook de ligging van de plaatselijke versterkte vestingen aan, verzamelden hun aanhangers in kastelen en reorganiseerden wegen en poststations rond hun kasteelsteden (jōkamachi).
De handel en de steden maakten in deze periode van de Japanse geschiedenis een opvallende ontwikkeling door. Ook ontstonden er periodieke markten in het hele land. Ondanks de belemmeringen van de douanebarrières (opgeworpen door zowel de bakufu als particuliere belangen), waren producten uit alle delen van het land op deze markten verkrijgbaar. In grote steden zoals Kyōto werden markten voor goederenruil opgezet om enorme hoeveelheden rijst, zout, vis en andere goederen te verhandelen; groothandelaars, of toiya, specialiseerden zich in de handel met verafgelegen gebieden. De circulatie van muntgeld werd ook krachtig, maar naast de verschillende soorten kopermunt die uit China van de Sung-, Yüan- en Ming-dynastieën werden ingevoerd, circuleerden er ook particulier geslagen munten in het land, hetgeen aanleiding gaf tot verwarring over de wisselkoersen. De bakufu en de daimyo vaardigden wetten uit om het oppotten van goede munten te verbieden, maar met weinig succes. De gilden van Muromachi vertoonden een sterke monopolistische neiging in hun pogingen zich te beschermen tegen de nieuwe kooplieden die opkwamen, terwijl nieuwe gilden werden opgericht in de kasteelsteden onder de directe controle van de daimyo.
Naast Kyōto en Nara ontstonden in de steden van die tijd Uji-Yamada, Sakamoto, en andere steden buiten de poorten van belangrijke tempels en heiligdommen. Daarnaast ontstonden er op natuurlijke wijze steden rond de kastelen van de daimyo, zoals Naoetsu van de Uesugi-familie, Yamaguchi van de Ōuchi-familie, Ichijōdani van de Asakura-familie, en Odawara van de latere Hōjō. Naarmate de kastelen zich meer en meer verplaatsten van verdedigingsburchten in de bergen naar administratieve bolwerken in de vlakten, werden markten buiten de kasteelmuren geopend en verzamelden handelaars en ambachtslui zich daar om te leven. Havensteden (minato machi) zoals Sakai, Hyōgo en Onomichi aan de Binnenzee, Suruga en Obama aan de Japanse Zee, en Kuwana en Ōminato aan de Isebaai bloeiden ook op als handelscentra. Sakebrouwers, makelaars en groothandelaars waren vooraanstaande stedelingen (machishu), en stadsoudsten (otona) werden gekozen om het plaatselijke bestuur via vergaderingen te voeren. In de handelshaven Sakai bijvoorbeeld werd de stad bestuurd door een vergadering van 36 mannen uit de gilden van de groothandel. Zij onderhielden soldaten en legden grachten en andere verdedigingswerken aan, en hoewel zij profiteerden van de confrontatie tussen de daimyo, verzetten zij zich tegen hun overheersing. De missionarissen van de Jezuïeten (zie hieronder) vergeleken Sakai met de vrije steden van Europa in de Middeleeuwen en beschreven de bloeiende toestand van de stad in hun verslagen.