Op 22 september 1922 werd Philips oom, koning Constantijn I van Griekenland, gedwongen afstand te doen van de troon. De militaire regering arresteerde prins Andrew, en in december werd hij door een revolutionaire rechtbank voor het leven uit Griekenland verbannen. Philips familie ging naar Frankrijk, waar zij zich vestigde in de Parijse buitenwijk Saint-Cloud. Philips moeder werd uiteindelijk opgenomen in een psychiatrische inrichting, terwijl zijn vader naar Zuid-Frankrijk verhuisde en slechts beperkt contact onderhield met de rest van het gezin.
Philip bezocht de MacJannet American School voordat hij naar het Verenigd Koninkrijk werd gestuurd om te studeren aan de Cheam School. In de jaren dertig verhuisde hij naar een school in Duitsland en daarna weer naar de Gordonstoun School in Schotland, die na de opkomst van de nazi-partij was opgericht door de joodse directeur Kurt Hahn. Veel van Philips familieleden bleven in Duitsland, waaronder zijn zussen, die in Duitse aristocratische kringen trouwden.
Na zijn afstuderen in 1939 ging Philip naar het Royal Naval College, waar hij uitblonk. Tijdens de Tweede Wereldoorlog diende hij bij de Britse marine, terwijl familieleden aan de kant van de As stonden.
Moeder, broers en zussen en stamboom
Prins Philip, hertog van Edinburgh, graaf van Merioneth en baron Greenwich, ook bekend als prins Philip van Griekenland en Denemarken, is de enige zoon van prins Andrew van Griekenland en Denemarken en prinses Alice van Battenberg. Hij had vier oudere zussen: Cecilie, Sophie, Margarita en Theodora.
Hoewel Philip niet Brits is, heeft hij wel familiebanden met Engeland. Kort na zijn geboorte overleed zijn grootvader van moederszijde, prins Lodewijk van Battenberg, in Londen. Louis was een genaturaliseerd Brits staatsburger die tijdens de Eerste Wereldoorlog afstand had gedaan van zijn Duitse titels en de achternaam Mountbatten had aangenomen. Philip is ook verwant aan de Britse koninklijke familie als afstammeling van koningin Victoria.