Wat zijn micro-organismen?

Technisch gezien is een micro-organisme of microbe een organisme dat microscopisch klein is. De studie van micro-organismen wordt microbiologie genoemd. Micro-organismen kunnen bacteriën, schimmels, archaea of protisten zijn. De term micro-organismen omvat niet virussen en prionen, die over het algemeen als niet-levend worden geclassificeerd.

Er is momenteel veel discussie over de organisatie en classificatie van het leven, met name in de studie van micro-organismen. Het basisonderscheid verdeelt levende organismen in twee groepen: prokaryoten (cellen zonder inwendige membraangebonden organellen – de monera, waaronder de meeste micro-organismen) en eukaryoten (cellen met membraangebonden organellen – protisten, schimmels, planten en dieren).

Vóór de komst van de microscoop werden levende organismen gemakshalve in twee koninkrijken verdeeld: plant of dier. Deze indeling was echter niet bevredigend – hoe zit het met schimmels? Tegenwoordig hebben de taxonomen van het koninkrijk systemen gedefinieerd die gebaseerd zijn op vijf of zes koninkrijken (Archaea – het zesde, Monera, Protoctista, Fungi, Plantae, en Animalia), die geen van beide virussen (of prionen) omvatten. Virussen worden geacht zich op de grens tussen levend en niet-levend te bevinden

Er is uitvoerig over gediscussieerd of virussen levende organismen zijn. De meeste virologen beschouwen ze als niet-levend, omdat ze niet voldoen aan alle criteria van de algemeen aanvaarde definitie van leven. Zo reageren de meeste virussen niet op veranderingen in de omgeving, wat een doorslaggevende eigenschap is voor levende organismen. Bovendien kunnen virussen zich alleen vermenigvuldigen door een gastheercel te infecteren. Zij kunnen zich dus niet op eigen houtje voortplanten.

Prionen zijn een recent ontdekt infectieus agens. Het zijn eiwitten die abnormaal gevouwen zijn (vouwen is een eigenschap van eiwitten die hen in staat stelt een vorm aan te nemen die van cruciaal belang is voor hun functie), en die normaal gevouwen eiwitten kunnen omzetten in abnormaal gevouwen eiwitten.

De komst van genoomanalyse heeft de kwestie zowel vereenvoudigd als gecompliceerd. DNA-sequentie-analyse heeft Dr. Carl Woese er in de jaren 70 toe gebracht een indeling in drie domeinen voor te stellen: bacteriën, archaea en eukaryota. De redenen voor deze indeling kunnen worden gezien in de levensboom die hij opstelde op basis van de sequentiegegevens. Deze levensboom laat duidelijk zien dat micro-organismen verreweg het grootste deel van het leven op aarde uitmaken. Wetenschappers schatten dat 99% van de micro-organismen op aarde nog niet is geïdentificeerd!

Onderzoek naar micro-organismen uit diepzee-hydrothermale bronnen kan helpen om een aantal van deze classificatieproblemen op te helderen.