22 września 1922 r. wuj Filipa, król Grecji Konstantyn I, został zmuszony do abdykacji z tronu. Rząd wojskowy aresztował księcia Andrzeja, a w grudniu sąd rewolucyjny wygnał go z Grecji na całe życie. Rodzina Filipa wyjechała do Francji, gdzie osiedliła się na przedmieściach Paryża, w Saint-Cloud. Matka Filipa została ostatecznie oddana do zakładu psychiatrycznego, podczas gdy jego ojciec przeniósł się na południe Francji, utrzymując ograniczony kontakt z resztą rodziny.
Philip uczęszczał do MacJannet American School, zanim został wysłany do Wielkiej Brytanii, aby studiować w Cheam School. W latach 30. przeniósł się do szkoły w Niemczech, a następnie ponownie do szkockiej Gordonstoun School, założonej przez żydowskiego dyrektora Kurta Hahna po powstaniu partii nazistowskiej. Wielu członków rodziny Philipa pozostało w Niemczech, w tym jego siostry, które wżeniły się w niemieckie kręgi arystokratyczne.
Po ukończeniu szkoły w 1939 roku Philip uczęszczał do Royal Naval College, gdzie osiągał doskonałe wyniki. Podczas II wojny światowej służył w brytyjskiej marynarce wojennej, podczas gdy członkowie rodziny teścia byli po przeciwnej stronie konfliktu – Osi.
Matka, rodzeństwo i drzewo genealogiczne
Książę Filip, książę Edynburga, hrabia Merioneth i baron Greenwich, znany również jako książę Filip z Grecji i Danii, jest jedynym synem księcia Andrzeja z Grecji i Danii oraz księżniczki Alicji z Battenbergu. Miał cztery starsze siostry: Cecilie, Sophie, Margaritę i Theodorę.
Chociaż nie jest Brytyjczykiem, Filip ma rodzinne powiązania z Anglią. Wkrótce po jego narodzinach zmarł w Londynie jego dziadek ze strony matki, książę Ludwik z Battenbergu. Ludwik był naturalizowanym obywatelem brytyjskim, który zrzekł się swoich niemieckich tytułów i przyjął nazwisko Mountbatten podczas pierwszej wojny światowej. Filip jest również spokrewniony z brytyjską rodziną królewską jako potomek królowej Wiktorii.